Chaque adhérent, ou son agent de traitement, commence par trier les chèques selon l’adhérent responsable du règlement de l’effet, les met en liasse pour livraison, et introduit dans le SACR le nombre et la valeur totale des chèques à livrer à chacun des autres adhérents. Pour optimiser le passage des chèques par le système de compensation, il y a plusieurs échanges de chèques chaque soir à six points d’échange régionaux : Halifax, Montréal, Toronto, Winnipeg, Calgary et Vancouver. Les données sont introduites dans le SACR pour chaque échange.

Dans certains cas, il est impossible d’effectuer la compensation d’un chèque pendant la nuit qui suit son dépôt. Par exemple, les chèques qui ne peuvent être traités par un matériel automatisé doivent l’être à la main le lendemain. De même, les chèques déposés à une succursale le samedi ne sont pas compensés avant le lundi soir suivant, parce que la compensation ne s’effectue que les jours ouvrables. Le délai de compensation peut aussi s’allonger dans le cas des chèques déposés en fin de jour ouvrable ou dans un guichet automatique.

Dès que le chèque arrive au centre de traitement informatique régional desservant l’adhérent destinataire, il faut établir quelle est l’institution financière (s’il est tiré sur un sous-adhérent) et/ou la succursale qui détient le compte sur lequel le chèque est tiré. Le chèque est acheminé ou «présenté» à la succursale du compte, ou à l’unité désignée au sein de l’institution «tirée», qui établit si le chèque est accepté ou sera retourné (par exemple, pour insuffisance de provisions ou contre-ordre de paiement). Ce processus s’appelle communément la «décision de payer ou de ne pas payer».

Si la succursale du compte se trouve dans un autre coin du pays, le chèque peut être envoyé par courrier aérien ou de surface à un centre de traitement informatique au point d’échange régional desservant cet endroit, puis livré à la succursale. Dès que le chèque arrive à la succursale du compte, conformément à la Règle A4 de l’ACP, la succursale a jusqu’au jour ouvrable suivant pour décider de «payer ou ne pas payer». Le chèque qui n’est pas accepté doit être retourné à la succursale qui l’a initialement accepté en dépôt, et ce processus doit être enclenché dans le créneau du «jour ouvrable suivant». Le chèque refait ainsi, mais à l’inverse, le voyage d’acheminement ou de «présentation» et peut prendre plusieurs jours.